Hubert Rutkowski es graduado por la Universidad de Música Fryderyk Chopin de Varsovia, donde estudió en la clase de Anna Jastrzębska-Quinn. Posteriormente se formó con Evgeni Koroliov en la Hochschule für Musik und Theater de Hamburgo, donde obtuvo el Konzertexamen. Es ganador del Concurso Internacional de Piano Chopin de Hannover 2007 y medallista del Concurso Maria Canals de Barcelona 2006.
Desde hace ya tiempo, Hubert Rutkowski siente una profunda pasión por los pianos históricos del siglo XIX. Tanto en su faceta de pianista como en la de profesor, ha trabajado con la colección de pianos históricos del Museum für Kunst und Gewerbe de Hamburgo. En 2013 grabó las primeras obras para piano de Debussy en un piano Erard de 1880 para el sello Piano Classics (CD). En 2018 le siguió la grabación de obras pianísticas de Chopin en un piano Pleyel de 1847.
Ha actuado junto a artistas como Lilya Zilberstein, Alexei Lubimov, Severin von Eckardstein, Łukasz Borowicz, Martin Haselböck y Jamie Phillips. Ofrece conciertos en Europa, Asia, América Latina y Estados Unidos, y ha participado en festivales como el Schleswig-Holstein Music Festival, el Artur Rubinstein Festival de Łódź, el Husum Piano Festival, el Festival Mozart de Varsovia, el Ars Longa Festival de Moscú y el Paderewski Festival de Varsovia. El 1 de marzo de 2021, coincidiendo con el aniversario del nacimiento de Chopin, presentó en Hamburgo el estreno mundial del histórico piano Pleyel redescubierto de Chopin (1847). Es director artístico del Chopin Festival Hamburg y jefe del departamento de piano de la Hochschule für Musik und Theater de Hamburgo. En los últimos años, sus alumnos han obtenido premios en importantes concursos internacionales de piano.